Hij studeerde directie en schoolmuziek aan het Sweelinck Conservatorium in Amsterdam. Voor koordirectie had hij o.a. les van specialisten als Paul van Nevel (oude muziek), Jos van Veldhoven (barok) en Huub Kerstens (moderne muziek). Orkestdirectie volgde hij bij Joop van Zon. Daarnaast studeerde hij compositie bij Niek Verkruisen.
Hij is muziekdocent en kunstcoördinator op het Herbert Vissers College in Nieuw-Vennep. Daarnaast is hij ook dirigent van het Voorschotens Kamerkoor, Alegria uit Amstelveen.
Nico Hovius schreef twee opera's: William (1990) en Willibrord (1995). Ook componeerde hij theatermuziek en diverse werken voor koor, waaronder Paradox (1996), Song of Solomon (1999) en Il Cantico del Sole (2002) op een tekst van Franciscus van Assisi.